こんばんは。
賃貸併用住宅を建てるにあたり、素人の私が経験を通して知った情報や、不動産屋さんから聞いた情報を公開しようと思います。
１．住宅ローンとしてローンを組む場合は、自己利用の延床面積が５０％以上あること
これは、賃貸併用住宅の情報サイトには大体載っているかと思いますが、住宅ローンとして借りる場合に自己利用の延床面積が５０％以上あることが条件になります。（借り先によって変わる部分もあるかと思いますが、ほとんどの金融機関が５０％以上となっています。）
※住宅ローンではなく、投資目的のローンであれば、この条件を満たす必要はありません。
例として、延べ床面積１００㎡の賃貸併用住宅を考えた場合に、自己利用の面積は、最低５０㎡にする必要があります。残りの５０㎡を賃貸用にできます。
２．ハウスメーカーで2階建て以上の間取りを出してもらうと、十中八九、重層長屋形式の間取りになります。
私も賃貸併用住宅を建てようと思い頭の中で外階段でマンションやアパートのような外観の間取りを妄想していましたが、イザ、ハウスメーカーにて間取りを出してもらったら、「重層長屋」になりました。
重層長屋とは、それぞれの部屋に行く階段が独立している形式になります。（詳しくは、ネットで検索してもらえればです。）
つまり、3階建てで仮に2階に賃貸2部屋、3階を自己居住の建物を考えたときに、それぞれの部屋に行くための階段が３つ（内階段として）あることになります。
限られた延床面積を無駄に階段で占められてしまい、すごくもったいないですが、以下の理由があるそうです。
一般的なマンションやアパートは、「共同住宅（階段を共有する）」に分けられ、適応される法律や条件が、より厳しくなるそうです。また、それに従い建築費も上がるため、重層長屋と呼ばれる形式として提案されます。
※もちろん「共同住宅」の条件をクリアでき、予算も十分あれば問題ありません。
３．条件を満たしていれば、住宅ローン控除を受けられます。
１．で記載しましたが、住宅ローンで借りた場合に自己利用部分に関しては、条件を満たしていれば、住宅ローン控除を受けられます。賃貸併用住宅の一番のメリットかと思います。安い金利で借りて収益も上げられる。
詳細な条件は調べていただいた方がよいですが、条件としては、以下になるかと思います。
自己利用部分が延べ床面積の５０％以上でかつ５０㎡以上の部分に関して控除を受けるとこができます。
例えば、１００㎡の内５０㎡を自己利用し、住宅ローンとして８０００万円を借り入れた場合は、
８０００万 × ５０％ ＝ ４０００万
となり、４０００万円が控除対象になります。
現在、４０００万の１％までが控除額の最大になりますので、年間４０万円戻ってきます。
収益を上げながら、税金が戻ってくるので、１石２鳥ですね。
４．毎年確定申告をする必要があります。
賃貸併用住宅に限った事ではありませんが、賃貸併用住宅を建てて一部を賃貸として出す以上、収益がでると思います。この収益に対して毎年確定申告をする必要があります。
利益が出ているのに確定申告をしないと脱税になりますので、ご注意ください。申告は義務です！（悪いことしてないですが、税金怖い）
しかし、私も初めてやったときは、すごーーーーーーーーーーーーくめんどくさかったです。苦行とおもい我慢をしました。。。（涙
何より、何をしなければいけないのかもわからず、言葉も専門用語ばかりでよくわからず。
しかも、役所が開いているのは平日のみで、サラリーマンには辛いところです。
この辺りは税務署や専門の税理士に確認するのが手っ取り早いです。
税務署は、もちろん無料で教えてくれるのでお勧めですが、確定申告の時期にあると数時間待ち（本当に）になるので、事前に確認しておいた方がいいです。（中にはぶっきらぼうな人間もいますが、聞かぬは損です。）
あと、インターネットで確定申告ができるe-taxは、申請しといた方が絶対にいいです。本当に。
色々と書きましたが、赤字の場合は税金が戻ってくる場合もあるので、悪いことばかりじゃないですよ☆彡。
５．建て終わった後に不動産取得税の納税通知書が届く
これ、結構忘れがちですが、地味に痛いです。（消費税に固定資産税・印紙税・所得税・・・不動産所得・・。もう税金怖い）
色々と支払いを終えてやっと住んだと思ったら、役所から連絡が入り家の査定が入ります。（役所の人が直接自宅に来てヒアリングされます。）
ヒアリングの後に役所より支払額が決定した「納税通知書」が届きます・・・。条件を満たしていれば減額されますが、詳しくは、インターネットなどで調べて頂ければと思います。
不動産取得税は、取得した1回こっきりの支払いになりますので、建て終わった後も気を緩めず資金を残しておく必要があります。
随時追記していきます！